《企业会计准则第6号——无形资产》规定，通过划拨方式无偿取得的土地使用权，应被确认为“无形资产”。进行此操作时，直接关联的费用，如配套费、土地储备金等，应计入无形资产的成本。

若将取得的土地使用权用于自行开发建造厂房等地上建筑物，则土地使用权的账面价值应保持独立，不与建筑物合并计算成本。这表示，土地使用权作为“无形资产”进行单独核算。

因此，处理行政划拨无偿取得的土地使用权时，首先应将直接关联费用计入无形资产成本。其次，若该土地用于开发建筑物，则土地使用权成本应保持独立，作为“无形资产”单独核算。

具体操作中，应严格遵循《企业会计准则第6号——无形资产》的规定，确保准确计算成本，正确进行账务处理。这样不仅能够确保财务报表的准确性，也能为企业的财务管理和决策提供可靠依据。