水利基金的计算方式是按上个月销售收入或营业收入的3%计征。水利基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方建设基金组成。

水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金。水利建设基金应按照收入的0.1%来计提和交纳。2012年度湖南按销售收入的0.06%来计提和交纳。

哪些企业可以免征水利建设基金？

①未达到增值税起征点的生产经营单位和个体工商户不用缴费。

②水利建设基金的计算是以销售收入为基准的，免征增值税的销售收入不计入缴费基数。

③如国防工程、防洪工程以及养老院、孤儿院的建设等固定的大工程项目可以不用缴纳。

④驻湘的军工企业所生产的军工产品获得的销售收入以及国家规定的其他免征情形，是不用缴费的。