生产企业开票使用报关单时，一般是由报关行或报关代理为其办理报关手续，并由其开具相关的报关单。报关单是报关行或报关代理根据海关规定填写的一种申报单据，用于向海关申报货物进出口的相关信息和税收缴纳情况。生产企业需要向报关行或报关代理提供相应的资料和信息，使其能够准确填写报关单，并代为办理报关手续。

报关单包括进口报关单和出口报关单，根据具体情况，生产企业需要与报关行或报关代理商协商确定具体是由哪个单位开具报关单。通常情况下，进口报关单是由进口企业委托报关行或报关代理办理，并由其负责开具报关单；出口报关单是由出口企业委托报关行或报关代理办理，并由其负责开具报关单。

需要注意的是，具体的操作流程和政策规定可能会因国家和地区而异，建议生产企业在开票使用报关单时，咨询专业的报关服务机构或税务机构，以确保按照正确的程序办理。