因实际情况而有所不同。

工程款税率不一致时，退税款的计算公式可以因实际情况而有所不同。具体计算方法需要根据双方合同约定以及税法规定进行确定。一般来说，如果合同中有约定，按照不低于合同约定的比率（如9%）计算税金并进行扣除，那么实际支付时应扣除的税金为工程总造价×9%。这种情况下，如果开票税率（如3%）低于合同中约定的比率，承包人应该按照工程总造价×（9%-3%）退还发包人。另外，如果合同中没有约定，但根据国家相关规定，工程造价取费税率应该按照国家规定的税率进行计算，而实际开票税率则与具体企业的纳税情况有关。这种情况下，如果实际开票税率较低，企业可以享受税收优惠，但这并不影响工程款的支付。