工程结算中，甲方扣款乙方是否需开票，主要依据是操作流程和已有发票情况。

若先对账后开票，则通常遵循正常程序执行。

若已开票后甲方才确认扣款，需采取以下步骤：

1. 开具负票，即红冲收入。

2. 甲方会提供正式函件，说明扣款原因及金额，并从费用列支。

工程结算操作中，甲方为业主时，若未发生应税行为，无需缴纳增值税；若是开发商，虽未提供应税劳务，但自身存在其他应税行为，理论上无需缴纳，但实际操作中可能缴纳较多。工程结算科目用于核算企业根据建造合同向业主办理结算的累计金额。企业进行结算时，按应结算金额借记“应收账款”等科目，贷记本科目。合同完成后，将本科目余额与相关工程施工合同的“工程施工”科目对冲，借记本科目，贷记“工程施工”科目。