合法纳税人是有权让税务局指定的评估公司作出评估有一个合理解释的。

首先要指导纳税评估并不是严肃的法定行政执法行为，而是税务局机关进行的管理行为，税务局不得以纳税评估为名行使税务行政执法权查账权等。纳税评估结果不得作为税收执法依据。另外，纳税评估是税局的一种劝导行为，发现了线索就跟企业沟通一下，线索不是问题那就内部回复一下，看错了不用查了；线索涉及补税问题，那就劝导企业把税补上；要是涉及补税企业非不听，也没有太好的办法，只能移送税务稽查局，自己本身并没有太有效的办法应对刺头。纳税评估实质就是一种商业谈判行为，税务机关希望通过谈判获取到更多的税款，企业希望通过谈判支付最少的税款。