确定辅助核算项目，明确需要设置的辅助核算对象，如客户、供应商、存货等。

选择合适的辅助核算方法，根据企业具体情况和需求，选择总账核算或明细账核算等。

收集并整理期初数据，收集客户的应收账款余额、供应商的应付账款余额等相关信息。

启用辅助核算功能，在会计软件中按照操作流程进行设置。

输入期初数据，将收集整理的期初余额信息在辅助核算模块中逐一输入。

核对余额，确保输入的期初余额与实际情况一致，无误。

生成报表，根据需要生成客户对账单、供应商对账单等辅助核算相关报表。

定期更新数据，及时更新辅助核算数据，保持其准确性和即时性。注意，具体设置方法可能因企业情况和软件差异而有所不同，应根据实际情况进行操作。