靠胃液消化。巨蜥胃内壁由浅沟分割形成许多的胃小区内具胃小凹，管状幽门内有漏斗形幽门瓣，并具类似法特氏壶腹结构；泄殖腔分为粪道、尿道和肛道，粪道两端缢褶发达。所以巨蜥的胃量十分巨大，自然而然分泌能大量胃液用来进行消化猎物。