在增值税体系中，企业支付的高速公路通行费和一些特定的二级公路、一级公路、桥、闸通行费可以被计入进项税额进行抵扣。具体而言，对于高速公路通行费，其进项税额计算公式为：通行费发票上注明的金额除以（1+3%），再乘以3%。这意味着，如果一份高速公路通行费发票上注明的金额为1000元，那么可以抵扣的进项税额为1000除以1.03，再乘以3%，最终结果约为29.13元。

而对于一级公路、二级公路、桥、闸通行费，其进项税额的计算则有所不同。其计算公式为：通行费发票上注明的金额除以（1+5%），再乘以5%。例如，如果一份一级公路通行费发票上注明的金额同样为1000元，那么其进项税额计算方式为1000除以1.05，再乘以5%，最终结果约为47.62元。

需要注意的是，企业在进行进项税额抵扣时，必须确保所取得的发票真实、合法，并且符合国家税务总局的相关规定。此外，不同类型的通行费其进项税额抵扣比例也有所不同，企业需根据实际情况选择适用的计算方法。

总的来说，通过正确理解和应用这些抵扣规则，企业可以有效降低自身的税收负担，提高运营效率。然而，企业在实际操作过程中，还需密切关注最新的税收政策变动，以确保抵扣行为的合规性。