上海建筑工程学院设有土木工程系、城市建设系、机械工程系、电气工程系、建筑系、管理系、计算机系、外语系、数理系九个系和成人教育学院，以及社会科学部和体育部两个教学部。学院还拥有建筑设计研究院及三个研究所。学校系科设置全面，涵盖工、理、管、文、经多学科领域，为学生提供多元化的专业选择。