2018年3月，泉州台商投资区教育文体旅游局与泉州第五中学签署《合作办学协议》，正式创办福建省泉州第五中学台商区分校。分校与泉州五中总校在教学管理、教育科研、师资培训、学生发展等方面实行一体化办学策略和办学模式。

学校隶属台商区湖东学园中学部，位于风景秀丽的百崎湖畔，紧邻海丝艺术公园，办学规模60个教学班，2018年9月开始招收初一年新生。办学前两年先借用附小台商区分校校舍，中学校舍目前已经竣工验收。