生物学和医学通过类比借用此词。生物学和医学在研究一种生物的功能（例如：光合作用、或肌肉收缩）时，常说分析它的“机制”。当中，“机制”这个概念用以表示有机体内发生的生理或病理变化时，各器官之间相互联系、作用和调节的方式。

理解机制这个概念，最主要的是要把握2点。一是事物各个部分的存在是机制存在的前提，因为事物有各个部分的存在，就有一个如何协调各个部分之间的关系问题。二是协调各个部分之间的关系一定是一种具体的运行方式；机制是以一定的运作方式把事物的各个部分联系起来，使它们协调运行而发挥作用的。