1、归档资料一般都是按照单位工程进行组卷的。你说的桩基、主体、电梯是分部工程并不是单位工程。工程变更一般有施工单位进行组卷，并不列入监理资料当中的。施工单位再多总包应该只有一个，其他的单位按照分包进行处理，仅仅归档分包单位报审表即可。监理规划、合同应该不需要复印，将其放在资料的前几卷，作为公用卷进行归档。除非你要给多个单位进行归档，比如你们公司要一套，业主要一套，档案馆要一套，这样就要复印了，保证档案馆的是原件就可以了。

2、工程报验单是要归档的，只需要归档报验单就可以了，具体的隐蔽或检验批验收单等由施工单位进行整理归档。

3、材料、设备等所有的报审资料一律同上，仅仅归档报验申请表。

以上是我工作5年的经验，全国大部分是这样的。但也有可能当地有特殊的要求，在归档前做好询问工作，可以避免重复整理。