两家公司的区别有性质不同、职责不同、业务范围不同。

1、性质不同：烟草专卖局是国家行政机关，属于事业单位，内部工作人员拥有事业单位编制。烟草公司是特大型国有垄断企业，属于国企，内部工作人员为国企员工编制。

2、职责不同：烟草专卖局主要负责烟草专卖、烟叶的种植收购以及卷烟的销售。而烟草公司主要负责烟草的经济业务，包括烟叶的收购和卷烟的销售。

3、业务范围不同：烟草专卖局的业务范围相对较广，涉及烟草专卖、烟叶种植收购以及卷烟销售等多个环节。烟草公司更专注于烟草的经济业务，即烟叶收购和卷烟销售。