专升本自考和校考之间存在显著差异，主要体现在考试类型、报考条件、考试报名时间和学科、考试方式以及认可度等几个方面。

全日制专升本属于正规全日制高等教育，通过统招专升本考试，学生可以进入本科大学就读大三大四两年，而自考专升本则属于成人高等教育，学生可以选择与原大专专业不同的专业，且院校分布在中国各省。自考专升本考试合格后，可以直接申请本科毕业证书，无需再进入本科大学就读，从而节省时间和费用。

在报考条件上，全日制专升本要求考生为在校大三应届生，不能跨专业跨省考试，报考名额有限制，需要学校推荐或选拔，考上后需在专升本学校学习两年。而自考专升本则面向所有符合条件的我国公民，不受性别、年龄、学历、种族等限制，也不需要经过入学考试，但必须持有国家承认的专科证书才能报考本科，具体的报考条件需根据当地实际情况确定。

在考试时间与学科上，全日制专升本通常在大三最后一个学期进行报考，考试难度与高考相近，海南地区的学生需参加两门基础课和一门专业课的考试，难度较大。而自考专升本的考试内容根据所报专业不同，可能有12-24门科目，大一就可以开始准备考试，一年最多可以考八门，有的专业可能需要三四年才能完成全部课程。

考试方式方面，全日制专升本实行统考和校考相结合，原则上只能报考相似或相近的专业，有的学校和专业有例外。而自考专升本则根据个人兴趣选择专业，修完全部课程并考试合格后，即可获得本科毕业证书，该证书上有主考院校和省自考委员会的印章，其法律效力与国民高等教育文凭相同。

从时间成本和经济成本来看，自考本科无需再读两年，考试科目通过后即可领取证书，而统招专升本录取后需在报考学校学习两年，无论是时间还是经济成本，自考本科都具有明显优势。

认可度方面，全日制专升本与高考录取的本科文凭相同，享有与普通四年制大学本科相同的待遇，而自考专升本虽然在很多方面已放宽政策，允许考研、报考公务员、事业单位和进入国营企业，但获得的是第二学历，第一学历依然是大专。