江东区国家税务局内部设有九个正科级机构，分别为办公室、综合业务科、计划统计科、办税服务厅、税源管理一科、税源管理二科、税源管理三科、人事教育科与监察室（合署办公）。

办公室的职责包括制定年度工作计划，处理日常政务，起草和审核文件与报告；负责会议组织、秘书事务、文件处理、档案管理、信访、机要保密、调研、政务信息、外事工作；负责税收科研、学术交流、科研成果的鉴定、评选、推广与奖励；负责税收新闻和综合性税收宣传；制定办公规章制度；负责办公自动化推广应用；负责本系统目标管理考核及督查督办工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导进行有关工作的综合协调；负责本级档案管理。

综合业务科作为内部专门法规科室，负责局内税收法制工作。其职责包括政策法律法规的调查研究与宣传培训；贯彻、建立和推行规范税收执法的规章制度；推行税收执法责任制；组织对税收法律、法规执行情况的监督检查；承办重大税务案件审理的日常工作；处理税务行政诉讼、赔偿与税务听证等涉税法律事务；规范性文件的会签、税收检查案件的复查复审，配合审计、财政监督等部门的外部监督工作。

信息中心负责组织税收管理、综合行政管理等信息系统的建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训；对征管数据进行质量审核、加工处理、综合分析；负责网络及系统安全管理工作；负责计算机设备的维修、维护、调配管理。

计划统计科负责税收计划与统计、税源情况分析管理。其职责包括税收计划、税收会计、统计管理和信息数据的分析汇总；纳税申报信息的集中处理与海关代征税款的录入；会统核算工作，组织并检查税款入库、退库；对重点税源、行业税源及区域税源的综合分析；欠税公告的收集与核实；税款缓缴、呆帐税金、死欠税款的核销管理；税收票证的管理。

办税服务厅是提供日常涉税服务的实体场所，集税务登记、发票发售、政策咨询、申报受理、税款征收等功能于一体。职责包括办理各类即办涉税事项；受理、传递及回复各类待办涉税事项；“一窗式”税收管理；增值税专用发票及普通发票的内部管理；办税服务厅的欠税公告、税法咨询。

税源管理一科负责增值税、消费税、所得税、涉外税等政策管理及所辖税源日常监控管理、户籍管理、发票管理与实施各项税收征收管理制度。具体职责包括征管规程的实施与考核；流转税、所得税、车购税税政业务及其执行情况的监督检查；制定流转税、所得税、车购税征收管理的具体办法；外商投资企业、外国企业税收业务；税源的日常监控管理；纳税人分类管理与服务；增值税一般纳税人资格管理；税收资料调查；征管软件和税控器具的推广与应用；税务登记、纳税申报、资格认定、税收优惠、行政许可等涉税事项的调查核实；税收分析、税收宣传、约谈辅导、纳税服务、日常核查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、发票协查及违规违章行为的调查核实；对纳税评估结论执行情况的跟踪核实；个体工商户、市场、零散税收的征收管理，协税护税的管理；增值税专用发票及比对异常的其他扣税凭证的审核检查及统计分析。

税源管理二科负责开展纳税评估工作的组织、实施。其职责包括纳税评估的组织、协调、实施；行业税负综合分析评价与动态监控；典型调查，建立行业评估分析数据模型，提出评估预警指标；对市局相关部门拟定的评析指标的反馈建议。

税源管理三科负责管理出口退税政策。具体职责包括进出口税收政策及管理办法的贯彻落实与日常监督检查工作；生产企业免抵退的初审、复审、年终清算；外贸企业及各特准货物退免税申报的审核与确认，年终清算；本地出口货源征税情况的组织落实与对外复函；出口货物退免税信息化管理系统的推广与维护；配合有关部门组织实施反骗税检查。

人事教育科与监察室合署办公，负责研究与执行人事管理制度，进行机构、编制、任免、考核、调配、交流、辞职辞退、奖惩、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；离退休干部及提前离岗人员的管理与服务；思想政治工作、精神文明建设与基层建设；教育培训管理；党建、工会、共青团与妇联工作；执行党和国家的路线方针，税收执法与行政管理权的监督检查；党的纪律检查、行政监察与廉政建设工作；执法监察与纠风工作；干部信访举报、违法违纪案件的查处工作。