酶的活动中心与底物以相补形式结合。

即非共价结合（氢键、离子键、疏水键）

酶分子中与酶活性密切相关的基团称作酶的必需基团，其组成特定空间结构区域，该区域称酶的活性中心。活性中心的必需基团有两种：结合基团(结合底物，形成底物——酶复合物)及催化基团(影响底物中某些化学键的稳定性，催化底物转化为产物)。对结合酶来说，辅酶或辅基也参与活性中心的组成 。