在处理税务申报时，如果您发现认证的发票进项税额比报税系统上的少，这可能意味着有几种可能的情况。

首先，需要检查发票是否在90天的有效期内完成认证。根据规定，增值税发票必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关进行认证。如果超过了这个期限，那么这部分进项税额将无法在当月申报抵扣，因此在报税系统上显示的进项税额会相应减少。

其次，确认发票信息的准确性。发票上的各项数据是否与实际交易相符，包括商品或服务的名称、数量、单价、税率和税额等。任何错误或不符之处都可能导致系统中记录的进项税额与实际认证的金额不一致。

此外，审核税务机关的认证结果。有时候，税务系统在认证过程中可能因为数据输入错误、系统故障或其他技术原因，导致认证的进项税额与实际不符。确保与税务机关进行沟通，确认认证结果的准确性。

最后，检查是否存在特定的税务政策或法规变动。在某些情况下，税收政策可能会发生变化，导致对进项税额的计算方法或适用税率有所调整。确保在申报时遵循最新的税务规定。

总之，认证的发票进项税额比报税系统上的少可能源于发票认证时间超期、信息错误、税务系统问题或政策变动等。通过仔细检查和核对相关环节，可以找出具体原因并采取相应措施解决。