祁东县教育局设有多个内设机构，承担着丰富而重要的职责:

办公室：负责综合协调政务、会议组织、文件处理、值班事务、新闻宣传、财务后勤、资产管理、退休人员管理、车辆管理和计划生育等工作，以及年终目标管理考评和机关治安保卫。

人事股：主要负责教师和教育干部队伍建设，人事编制、考核、奖惩、招聘录用、教师资格证书管理、领导班子人员任免及教职工职称评聘等工作。

基础教育股：专注于普通、特殊和幼儿教育管理，包括“普九”工作、学籍管理、教育教学改革、德育劳技等，还指导社会力量举办的教育机构业务。

计财股：制定教育发展规划，管理教育经费，监督经费使用，制定收费标准，参与税务协调，负责教育统计和资产管理，以及教育信息化建设。

法规股：研究教育改革政策，审核规范性文件，协调执法工作，负责教育法制宣传和行政诉讼事务，保护学校权益，研究社会力量办学政策。

审计股：指导内部审计，负责机关及学校单位的审计调查，经济责任审计，提供审计咨询，协助查处经济违纪案件。

职成教股：管理职业教育和成人教育，指导教学改革，职业证书考试，职业学校设置与招生，参与教育布局调整和教师队伍建设。

纪检监察室：负责党内纪律检查和行政监察，监督干部提拔，受理党纪政纪案件，指导乡镇教育纪检监察工作。

学校基建管理股：负责危房改造、标准化校舍建设，学校基建项目的管理与监督，档案资料保管，以及交办的其他事项。