选择适合的染色方法对真菌检测至关重要。其中，墨汁染色主要用于观察隐球菌的夹膜，其特征在于黑色背景中细胞核边缘着色，夹膜则不着色，犹如黑夜中的明星，使得观察更为清晰。

革兰染色则广泛用于各种真菌的染色，尤其是观察放线菌、奴卡菌、链丝菌、组织胞浆菌、念珠菌和隐球菌的孢子和菌丝等。真菌均被染成革兰阳性，呈现出蓝黑色的特征。

瑞氏姬母萨染色适用于观察夹膜组织胞浆菌和马内菲青霉菌，菌体被染成蓝色，提供了一种独特的视觉效果。

过碘酸锡夫染色（Perodc-SchffstanPAS)是皮肤或组织切片的最佳染色方法，真菌被染成鲜红或紫红色，背景则染成青色，提供了一种鲜明对比的视觉效果。

最后，嗜银染色法（MS)是卡氏肺孢子菌检测的最佳染色法。该方法能将包囊壁和浓染点（呈双逗点状）染成黑色，使得目标更为明显，提高了检测的准确性和效率。