重庆工商大学提供多样化的研究生课程选择，涵盖多个学科领域。财政金融学院主要提供金融学、财政学、金融硕士与税务硕士等专业。

管理学院则在企业管理、人力资源管理方向上设立课程。商务策划学院聚焦技术经济及管理、国际商务硕士等。

会计学院提供会计学、会计硕士、审计硕士等课程，满足学生在财务领域深造的需求。

旅游与国土资源管理学院设立旅游管理专业，同时智能制造服务国际科技合作基地管理科学与工程也在学院范畴内。数学与统计学院则更为广泛，包括统计学、基础数学、计算数学、应用数学、运筹学与控制论、数理统计学、经济统计学、金融统计与风险管理以及应用统计学等，为学生提供深入统计与数学领域的研究与学习机会。

重庆工商大学通过这些专业设置，为学生提供了丰富多样的研究生课程选择，旨在培养具备专业技能与广阔视野的高级人才。