1、含义不同：

独立学院指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。

专科学院指按照国家规定的设置标准和审批程序批准举办的，通过全国普通高等学校统一招生考试，招收高中毕业生为主要培养对象，实施高等教育的全日制大学、独立设置的学院和高等专科学校、高等职业学校和其他机构。

2、性质不同：

独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业。

专科学院其中大学、独立设置的学院主要实施本科层次以上教育；高等专科学校、高等职业学校实施专科层次教育；其他机构是承担国家普通招生计划任务不计校数的机构。

被普通高等学校录取的学生叫“统招生”，统招生是指通过参加由教育部组织的普通高等学校招生全国统一考试等正规化考试并被录取，毕业后由教育部颁发认证文凭的考生。

独立学院相关政策

根据教育部有关规定，高校独立学院发放毕业证书有变，2003年普通高校独立学院招收的新生，毕业证书不再发放校本部的证书，改发独立学院的证书。学士学位证书还是由校本部发放。

按照教育部要求，从2008年开始，独立学院录取的本科新生，毕业时要统一授予独立学院的毕业证书和学士学位证书，不再颁发母体高校的学位证书。

根据国家财政部、教育部等有关文件精神，普通独立院校享受国家奖学金、国家励志奖学金、国家助学金。家庭特别困难的学生可以在本地民政部门开具“贫困证明”开学报道后教给所读院校申请“助学贷款”或在生源所在地申请国家助学贷款。

学生毕业后在招聘录用、考研、公务员报考及其它方面待遇等均与其它本科完全相同。例如：留学、考研、考公务员、户籍管理，毕业生就业等方面与其它传统本科学生享受同样的政策待遇。

独立学院以实施本科学历教育为主，部分独立学院经过教育部审批可以招收专科专业。

独立学院与其他本科高校具有平等的合法地位。