两者是不同的

工程师代表签证的工程款=进度款-相应的预付款比例-保留金+增加的工程量签证等

应签发的凭证金额是按合同条款规定，每次支付应为相应进度款的60%-90%进行支付，即根据工程师代表签证的工程款还需*0.6-0.9