两者的区别是专业不同、权限不同、职称不同。

1、专业不同：主治医师是西医医师，主治中医师是中医医师。

2、权限不同：主治医师具有处方权，主治中医师没有处方权。

3、职称不同：主治医师是中级职称，主治中医师是初级职称。主治医师是医院的职称之名，医生职称的一种，比住院医师高一级，比副主任医师低一级，属于中级职称。