扣除货款一般记入“应收账款”科目。

解释：

扣除货款是企业在销售商品或提供服务后，客户未支付全部款项，而是有部分款项需要扣除的情况。在会计记账时，这部分被扣除的货款应当记入相应的科目。一般来说，“应收账款”是一个常用的科目，用于记录企业应收的款项，包括销售货物或提供劳务所应收的货款。

当客户支付货款时，如果部分货款需要扣除，会计在记录时，会将实际收到的款项记入“银行存款”科目，而将未被扣除的货款余额继续记录在“应收账款”科目中。这样，通过“应收账款”科目，企业可以清晰地追踪未收到的款项，并对其进行管理和催收。

如果扣除的货款是因为商品存在质量问题或其他原因产生的赔偿，那么可能还需要记入其他相关科目，如“营业外支出”或“销售费用”等，这取决于具体的业务性质和合同条款。

总的来说，具体的记账方式还需根据企业的实际业务情况和会计政策来确定。在实际操作中，会计人员需根据相关法律、法规和准则进行准确的会计处理，以确保财务记录的准确性和合规性。