膜蛋白分为外在蛋白，内在蛋白，脂锚定蛋白；维系三者与膜关系的主要都是疏水键；简单来讲，一般在膜双分子层中间的都是脂溶性，暴露在胞质内外表面的都是水溶性。

细胞膜上的蛋白大多数都有脂溶性部分和水溶性部分，不过准确的称呼是疏水性部分和亲水性部分。疏水性部分是指一段或几段跨膜区，位于细胞膜内。亲水性部分是位于膜两侧的部分。