病例对照研究与队列研究都是探索因果关系的流行病学方法。它们的区别在于研究的起点和目的。

病例对照研究从结果出发，首先寻找已经患有研究者关注疾病的人作为病例组，然后找到与病例组具有可比性的没有患该疾病的人作为对照组。研究对象被调查过去是否暴露于研究者关注的因素，并比较两组的暴露程度。计算暴露比值的差异，从而得出OR值。此方法省时省力，但无法真实观察从因到果的过程，存在信息偏倚，仅能验证病因假设，而不能确证。

队列研究则从原因开始，将暴露于研究因素的人群作为暴露组，未暴露的人群作为对照组。随访一段时间后，比较两组研究对象是否发生关注的疾病。计算发病率的比值（RR），此方法符合先因后果的时间顺序，论证因果关系的能力更强，证据质量高。但需要等待结果事件发生，费时费钱。

在处理罕见疾病时，病例对照研究有其优势，因为它可以从病例开始，无需等待疾病的发生，适用于罕见疾病的研究。然而，探讨发病率低疾病的危险因素时，队列研究可能更为适合，因为它能观察到从因到果的过程，需要的人力物力相对较少。

当研究因素的人群暴露率较低时，队列研究能够针对特殊暴露人口进行深入研究，而病例对照研究可能需要调查大量病例和对照，这在实践中较难实现。因此，选择研究方法时需综合考量疾病发病率、因素暴露率以及研究资源的可用性。