工程部运费计入“工程施工”科目。

详细解释如下：

在工程项目中，运费是施工过程中产生的一项成本，它与工程的整体进展密切相关。因此，工程部产生的运费应当纳入企业的成本计算中。在具体的会计科目应用中，“工程施工”科目是用于记录工程实际合同成本中的直接成本的科目，这其中就包括了与工程相关的各种费用，如材料费、人工费，以及在此过程中的运输费用等。因此，工程部发生的运费应记入“工程施工”这一科目。

当企业发生运费时，需要根据实际情况进行记录。如果运费是与购买材料或设备相关的，那么这部分运费应当作为材料的采购费用进行记录；如果运费是发生在施工过程中的日常运输，比如员工工资运输、施工现场内部材料等物品的转移等，则应当将其纳入工程施工成本中。具体的会计处理需要会计专业人士结合企业实际情况进行判断和记录。通过这样的处理，企业可以清晰地反映出工程的实际成本，为后续的成本分析和决策提供数据支持。

总结来说，工程部的运费应当纳入企业的成本计算中，具体记入“工程施工”这一会计科目，反映真实的工程成本，有助于企业后续的财务管理和决策分析。