南通科技职业学院设有多个特色专业，其中环境工程技术专业尤为突出。该专业毕业生主要面向环境保护行业，如水污染治理、大气污染治理、固体废物处理处置以及物理污染治理等领域。学生毕业后可从事环境工程工艺设计、环境工程施工管理、环保设备安装调试、环保设施运营管理及环境工程监理等工作。

环境监测技术专业同样备受关注。该专业的就业方向包括环境监测站、第三方检测机构、污水处理厂、自来水厂、生产排污企业等，涉及水污染治理、大气污染治理、固体废物处理处置以及物理污染控制技术岗位群。毕业生主要负责样品采集、前处理、分析检测、数据处理和审核，以及环保设施运营技术、环境管理、环境监测和环境污染控制等工作。

植物保护与检疫技术专业为农业领域培养专门人才。毕业生可在植物检疫、农作物病虫害防治岗位群工作，从事植物保护、植物检疫、植物保护技术推广及农资生产企业综合管理等工作。

园艺技术专业则侧重于园艺产品的生产和经营。毕业生主要在园艺产品生产管理、园艺产品质量控制和加工、园艺产品经营管理和销售岗位群工作，负责园艺产品生产、种苗繁育、田间生产试验、园艺产品储运加工及园艺及农资产品销售等工作。

南通科技职业学院成立于1945年，历经国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校等时期。2003年7月，经江苏省人民政府批准，学校升格为南通农业职业技术学院，2014年10月更名为南通科技职业学院。截至2016年3月，学院占地面积658亩，建筑面积20.2万平方米，资产总值3.7亿元，教学仪器设备总值6000多万元，拥有各类注册在籍生10000余人。

学院设有7个教学系，开设高职专科专业52个，共有教职工400余人，其中专任教师247人。