莒南县教育局内设机构主要包含以下四个部门：办公室、人事科、财务科和基础教育科。每个部门都有其独特的工作职责与任务，共同为推动教育事业发展提供坚实的支持与保障。

办公室作为管理局机关日常工作的核心部门，负责文电、会务、机要、文书和信息、安全保密、督办、财务等事务。同时，办公室还承担协调有关教育协作交流工作，确保机关工作高效有序运行。

人事科则专注于教育系统的人力资源管理，包括局机关及各级各类学校人事工作，教干和教师队伍建设，教师职务评聘，师范类毕业生就业指导，教育人才信息服务，教师资格认定，教职工调配，档案管理，工资申报套改，干部年报工作，以及教干、教师业务培训和评先树优工作。

财务科则负责局机关及全县中小学经费预算、支付、年终决算工作，校产档案管理，年度教育事业统计，审计教育经费、专项补助费等收支情况，以及配合有关部门征收教育基金。

基础教育科统筹全县基础教育工作，重点实施九年制义务教育，依法制止学生辍学。同时，该部门还负责基础教育体制综合改革、基础教育结构与布局调整、民办学校及社会力量办学审批，草拟基础教育评估标准和教学教材建设规定。基础教育科还管理全县初中、小学学籍，学业水平考试，中小学德育、体育、卫生、艺术教育、国防教育和学生军训工作，指导特殊教育和民族教育工作，以及中小学校的行政管理和业务指导。