先天性下唇下颌正中裂是一种颅面裂的类型，其确切发病原因尚不明确。Tessier认为，胚胎发育过程中中胚层渗透入第一腮弓的下颌骨中线时发生障碍，可能导致这种疾病。Morton和Jodon则认为病因是第一腮弓融合障碍，能解释严重病例中舌骨、甲状软骨、带状肌、胸部柄的缺如。而Ostrom等提出，单侧腮弓在胚胎发育早期(顶臀高≤17mm，即前7周)发育不全导致的正中裂最严重，可累及颈部；发生在胚胎后期(17mm≤顶臀高~<60mm，即7周后)导致的正中裂较轻。

因此，胚胎早期下颌突发育不全可能导致最严重的下颌骨裂，伴随舌正中裂和/或舌系带过短、胸廓裂隙，之后导致胸骨中部、舌骨体发育问题。而胚胎晚期双侧下颌骨中心生长受干扰，可能导致下颌骨正中裂及相关软组织发育不全。下颌突结合不全可能导致病情较轻，表现为红唇裂、下唇裂，可累及下颌骨牙槽突。因此，胚胎发育障碍越早，并不一定意味着病情越重。

国内方梅报道了一例母亲患有悬雍垂缺失，先后育有两子均出现下唇正中裂的病例，这提示本病可能与遗传有关。这意味着，遗传因素可能在先天性下唇下颌正中裂的发生中起着重要作用。