由施工单位承担，监理工程师之所以发出工程暂停令，是因为施工单位在施工过程当中了较大的质量安全事故或者对于较大安全隐患多次督促不予以整改的行为，所以一切由此产生的工期延误和经济损失都由施工单位承担。