“分段式教学”也存在其弊端。

第一，“分段式教学”的实现要建立在更新教学计划和教学大纲的基础之上。如若开展“分段式教学”，则必须统一规划各专业的计划和大纲，使其尽量相同，从而使教学个性化受到限制。

第二，“分段式教学”影响教学的整体性。1本教材的内容从总论到各论，有其循序渐进和衔接渗透的特点。由几个教师分段授课，虽然能够保证章节的顺序，却不能保证章节内容衔接紧密，会出现重复授课、知识点遗漏等。

第三，分段授课要更换3-4次甚至是更多的教师，不利于学生对教师教学方法的适应，因此有可能降低学生对此学科的兴趣，影响教学效果。“分段式教学”兼有利弊，如何摒除弊端、发扬优势是其能否顺利开展的关键。针对其教学个性化受限的缺点，可以将不同专业的授课内容进行适当调整，教师切忌贪图省时省力，不分专业，吃大锅饭。对其影响教学整体性的特点，开展“分段式教学”的教研室要及时进行集体备课，使担任不同内容的教师对于其他教师的部分有所了解，防止重复授课和知识点遗漏等问题。由此可见，任何一个教学方法和模式总是存在优缺点，在教学过程中，不断发现并探索其解决方法，完善其不足，才能使该种教学方式得以广泛推广应用。