厦门大学分为思明与翔安两个校区，思明位于厦门市中心，是学校主体，而翔安则在翔安区。两校区主要区别在于环境与专业。思明校区环境优雅，拥有如南普陀寺、海韵园等历史与文化景观，建筑风格古朴，而翔安校区则现代化，建筑新潮，内设科研实验室与创新创业基地。在专业上，多数本科专业设于思明校区，覆盖文、理、工、管、法、教育、医学等众多领域，而翔安校区则以研究生专业为主，如工程、材料、信息、生命科学等。具体本科专业包括化学、数学、物理、计算机科学与技术、电子信息科学与技术、机械工程、土木工程、环境科学与工程、生物科学、心理学、管理学、法学、教育学、临床医学等。研究生专业则有电子信息工程、材料科学与工程、机械工程、化学工程、生物医学工程、计算机科学与技术等。