公司商铺的入账方式主要包括购买成本的入账和相关税费的入账。

购买成本的入账是指，当公司购买商铺时，应将购买成本计入固定资产账户。固定资产是企业为生产商品、提供劳务、出租或经营管理而持有的，使用寿命超过一个会计年度的有形资产。由于商铺作为企业长期持有的资产，应归类为固定资产，并按照其取得时的实际成本进行初始计量。

相关税费的入账则涉及在购买商铺过程中产生的税费，如契税和印花税等。契税是房屋买卖过程中必须缴纳的税种，其计税依据为房屋成交价格，应在房屋权属转移时向契税征收机关申报缴纳。入账时，契税应计入固定资产的取得成本。印花税则是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税，购销合同印花税税率根据合同金额的不同而有所差异。印花税在入账时，通常计入管理费用或税金及附加科目。

此外，公司在运营过程中，如果涉及商铺的租赁、转让等业务，也需要进行相应的会计处理。例如，商铺的租金收入应计入公司的营业收入，而商铺的转让费用则可能涉及固定资产清理的会计处理。

总的来说，公司商铺的入账是一个综合性的过程，需要根据公司实际情况和相关会计准则进行规范处理。同时，公司应建立健全的财务管理制度和内部控制制度，确保做账流程的规范和准确，以便及时了解自身的财务状况，为企业的经营决策提供有力支持。