宝应县教育局内设机构负责教育系统内的多项职能，构建了高效、有序的组织架构。

办公室作为核心部门，负责全局政务事务的协调处理。它拟定年度工作计划，撰写全局性报告、总结，起草重要文件和文稿，组织和督办教育系统行政执法工作。此外，办公室还负责教育信息、新闻工作，机关财务、固定资产管理和基本建设工作，以及代表建议、提案的办理工作。

党委办公室则协助指导党委中心工作，负责文稿审核、会议组织、教育宣传工作，并牵头文明单位的评比，处理党委日常事务。

组织人事科则负责教师队伍和教育行政干部队伍建设，审核认定教师资格，组织培训和继续教育，管理人事劳动、工资、保险福利、离退休等事务。同时，该科室还负责基层党的组织建设和管理工作。

计划审计科负责编制教育事业发展计划，协调中小学基本建设等工作，监督教育经费筹措办法的实施。该科室还管理财务收支、年终分配、基建工程等项目。

初等教育科负责学前教育、小学教育、特殊教育，指导教育布局调整和教育改革，执行教育方针、法规，推进素质教育，管理招生、学籍和毕业证书。

中等教育科负责普通中学教育，指导中学布局调整和教育改革，执行教育方针、法规，推进素质教育，管理招生、学籍和毕业证书。

职业教育与成人教育科负责职业教育、成人教育和民办教育，制定发展规划，指导成人教育阵地和实验实习基地建设，管理职业学校招生、学生学籍和毕业生审核。

监察室负责教育系统党风廉政建设工作，组织廉洁自律教育，监督党风廉政责任制建设，调查处理违纪行为，指导教育行风建设。

教育督导室负责监督乡镇政府及学校执行国家教育方针、政策、法规的情况，进行指导、监督、检查、评估，指导乡镇教育督导工作。

教研室负责监督检查教学工作政策，指导教学工作，评估教学质量，推动教育教学理论和教学业务的学习、传递，组织学科竞赛活动和教学质量分析。

教科室负责指导、管理全县各类教育的科研工作，总结、推广应用先进的教育教学科研成果，开展教育情况调查，为领导决策提供依据。

招生考试办公室负责监督招生计划执行，组织高中、高校、中专、师范等招生考试，管理中等学校招生市场。

电教管理站负责规划、协调、指导全县中小学教育装备、信息化工作，组织实验教学、教育技术的研究和交流，管理教育网站，组织实施青少年科普工作。

勤工俭学办公室负责规划、协调、指导全县中小学勤工俭学和校办产业，规划、建设和管理实践教育基地，管理教育产业市场，指导校园经济。