银行对账单与企业的银行存款账户进行核对。

银行对账单是银行对企业账户交易活动的详细记录，这些记录包括企业账户的存款、取款、转账等交易信息。而企业的银行存款账户则是企业在银行的账户信息，反映了企业在特定时间内银行账户的余额及变动情况。当企业对自身银行账户的交易记录存在疑问或需要进行审计时，就会使用到银行对账单。此时，企业会将银行对账单与自身的银行存款账户进行逐笔核对，确保双方的记录一致。这有助于企业及时发现并处理可能出现的账务错误或未达账项，从而保证企业资金的安全和透明。此外，通过银行对账单与银行存款账户的核对，企业还可以验证其内部的财务记录是否准确，进而保证财务报告的准确性和可靠性。因此，银行对账单主要与企业银行存款账户进行核对。

具体来说，企业在核对过程中，需要关注以下几点：

1. 交易日期和金额：核对银行对账单上的交易日期与企业银行存款账户的记录是否一致，以及交易金额是否准确。

2. 交易内容：确认每一笔交易的详细内容，确保没有不明来源的入账或出账。

3. 余额核对：最后，核对银行对账单的余额与企业银行存款账户的余额是否相符。

通过以上的核对流程，企业可以确保其银行账户的安全，并维护财务信息的准确性。