建设厅资料员证与建协的区别主要体现在以下几个方面：

首先，证书性质不同。中国建设教育协会颁发的施工员证书，实质上是培训合格证书，而由中国建设厅颁发的施工员证，则属于上岗证。上岗证是证明个人具备从事特定行业或岗位资格的证明文件。

其次，证书考试方式也有所差异。中国建设教育协会颁发的施工员证书考试由中国建设教育协会命题，并在培训课程结束后由协会独立组织考试和评分。而中国建设厅颁发的施工员证的考试，则是通过建设部门的从业资格考试完成。

此外，证书的换发也有不同之处。对于持有原建设部门颁发的《建设职业技能岗位证书》且参加考试合格者，可以申请换发《国家职业资格证书》。不过，换证过程中仅需支付考试鉴定费和证书费。