南京海事学院主校区位于江宁大学城，区划上归入江宁区淳化街道管辖。然而，当前行政层面由江宁高新园负责管理。截至2020年3月，学院拥有江宁、秦淮和板桥三个校区，总面积达1629亩，建筑总面积为32.08万平方米。固定资产总额为11.13亿元，教学仪器设备总价值为1.65亿元。

学院设有46个专科专业，全日制在校学生总数接近12000人。教职工共有712人，其中专任教师512人，为学院的教学和科研工作提供了强有力的人力资源支持。