当阳市国家税务局机构设置主要包括以下几个部门：

1. 内设机构：

办公室：负责日常政务处理、文件起草、会议组织、秘书事务、文电管理等，同时负责文明创建、税收新闻宣传和办公自动化推广等工作，以及固定资产和财务管理等行政事务。

收入核算科：负责税款征收的管理，税收会计、统计和数据分析，税款入库检查，税收收入核算、统计等工作，并管理税收票证。

征收管理科：负责综合性税收征管法规的执行，税务登记、纳税申报、税款征收的管理，征管质量考核，软件推广，纳税评估及服务工作，并处理相关工作。

税收科：负责流转税、所得税等税种的业务，增值税管理，纳税评估、稽核，税收协定执行和涉税法律事务，以及出口退税审核等工作。

政策法规科：负责税收法律法规的监督和重大案件审理，以及税务行政诉讼和复议等。

人事教育科：负责干部任免、教育培训、精神文明建设等人事管理和党群工作。

监察室：负责干部信访举报、违法违纪查处和执法监察工作。

财务核算中心：负责财务制度执行、经费管理、原始凭证规范、固定资产和政府采购等工作。

纳税服务科（办税服务厅）：负责纳税服务规范，纳税辅导、咨询服务、投诉处理，税收信用体系建设，税法宣传等。

此外，还有直属机构如稽查局，负责税务稽查、案件查处、司法协调和税收秩序整顿；事业单位信息中心，负责信息系统建设和数据管理；以及玉阳、河溶、育溪等税务分局，负责所辖地区的税源管理和税款征收。