在云南设有分部的航空公司包括以下几家：

1. 云南祥鹏航空有限责任公司：成立于2004年6月，海南航空集团的控股公司，由海州虚南航空集团有限公司、山西航空公司、云南石林航空旅游公司等共同投资组建。祥鹏航空于2006年2月26日开始运营。

2. 中国东方航空股份有限公司云南分公司：成立于1992年7月28日。2002年10月11日，云南航空公司与中国东方航空集团公司联合重组，成为中国东方航空集团公司下属航空运输企业，并于2005年6月完成主业资产注入中国东方航空股份有限公司，更名为中国东方航空股份有限公司云南分公司。

3. 昆明航空有限公司：于2007年2月25日获得中国民航局批准筹建，2009年1月获得《公共航空运输企业经营许可证》。昆明航空注册资本8000万元人民币，深圳航空公司出资6400万，持有80%的股权。

需要注意的是，祥鹏航空和昆明航空算是海航和深航的子公司，并非分公司。而东方航空的云南分公司是设有分部的航空公司。