最主要的区别在于证书的应用范围。住建厅颁发的建筑电工作业证，属于特种作业证，其用途限定在建筑工地的电力维护和安装，不能跨行业或岗位使用。而应急管理局颁发的电工特种作业操作证，则主要适用于除建筑领域外的电气设备运行、维护、安装、检修、改造、施工、调试等工作，这类证书并不适用于建筑工地。

进一步而言，建筑电工作业证，由地方住建部门主管，专门针对建筑工地的电力操作，确保在建筑工地上的电力安全。而电工特种作业操作证，由应急管理部门管理，覆盖了更广泛的电气作业领域，确保这些领域的电气安全。

此外，持有不同证书的电工在实际工作中的职责也有所不同。建筑电工作业证持有者主要负责建筑工地的电力维护和安装工作，而电工特种作业操作证持有者则负责除建筑工地以外的电气设备的运行、维护、安装、检修、改造、施工、调试等工作。这也意味着，持有不同证书的电工在实际工作中会有不同的职责和工作内容。

最后，不同证书的获取条件和考试要求也有所不同。建筑电工作业证的获取，一般需要通过地方住建部门组织的培训和考试，而电工特种作业操作证则需要通过应急管理部门组织的培训和考试。这也使得持有不同证书的电工在职业发展和技能提升方面有各自不同的路径。

因此，根据工作环境和需求的不同，选择合适的证书是非常重要的。建筑工地上的电工应持有建筑电工作业证，而从事其他电气设备工作的电工则应持有电工特种作业操作证。这两种证书在各自的领域内都是重要的资质证明，有助于确保电气工作的安全性和专业性。