南通大学，位于南通，是由南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所本科大学于2004年5月合并组建而成。

南通理工学院，坐落于南通。根据2018年2月的学校官网，学院设有两个校区，总面积达1200亩，建筑面积逾33万平方米。在校学生超过万人，设有9个二级学院，包括机械工程学院、汽车工程学院、建筑工程学院、商学院、电气与能源工程学院、计算机与信息工程学院等，开设本科专业共29个。

江苏工程职业技术学院，同样位于南通。学院的办学历史可以追溯到1912年，由著名爱国实业家、教育家张謇先生创办的中国第一所纺织专门学校。1999年，学院独立升格为“南通纺织职业技术学院”，于2014年正式更名为江苏工程职业技术学院。2018年，学院被确定为江苏省高水平高职院校建设单位。

南通航运职业技术学院，位于南通，成立于1960年，原名江苏省南通河运学校，后更名为江苏省南通航运学校，于2000年升格为高等职业技术学院。

南通科技职业学院，也位于南通，始建于1945年，经历过国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校等不同发展阶段。2003年7月，学院经江苏省人民政府批准升格为南通农业职业技术学院，于2014年10月正式更名为南通科技职业学院。