重庆的教育体系中，本科层次的高等教育机构共有15所，其中包括三所由部队管理的院校。在地方大学中，重庆大学和西南大学尤为突出，分别位列985和211工程高校之列。然而，西南大学内设有部分二本专业，这些专业位于荣昌校区，且在毕业证书上会特别标注。

其他大部分大学属于二本院校范畴，但诸如西南政法大学、重庆医科大学、重庆交通大学、重庆邮电大学等校，部分专业实施了一本招生政策，这使得它们在某种程度上接近于“半一本”院校。

在二本院校中，重庆拥有包括西南政法大学、重庆医科大学、重庆邮电大学、重庆交通大学、四川外语学院、重庆师范大学、重庆工商大学、重庆理工大学、重庆科技学院、长江师范学院、重庆文理学院、重庆三峡学院在内的众多高校。值得一提的是，其中部分二本院校在实际招生过程中，可能会优先录取达到一本分数线的考生，如重庆的川外就是一例。