卓越工程师班的研究生与普通班的研究生在以下几个方面可能存在区别：

培养目标：卓越工程师班通常更侧重于培养具有较强工程实践能力、创新能力和解决复杂工程问题能力的高层次工程技术人才，以适应产业发展和创新需求。普通班的培养目标可能更注重学术研究能力和理论知识的深入掌握。

课程设置：卓越工程师班的课程可能会更多地涉及实际工程项目案例、工程实践环节和前沿技术应用等，强调理论与实践的紧密结合。普通班则可能更侧重学术课程和研究方法的训练。

实践环节：卓越工程师班往往会安排更多的企业实习、工程实践项目和产学研合作机会，让学生在真实的工程环境中锻炼。普通班可能相对较少此类实践安排。

师资配备：卓越工程师班可能会有更多来自企业的资深工程师和行业专家参与教学和指导，提供实际工作中的经验和见解。普通班则以校内学术导师为主。

就业导向：卓越工程师班的毕业生可能在就业市场上更受工程技术类企业的青睐，就业方向更倾向于工程应用和技术开发。普通班的毕业生则在学术研究机构、高校或对学术研究能力要求较高的岗位上有一定优势。

不过，具体的区别还会因学校、专业和具体的培养方案而有所不同。在选择时，应根据个人的兴趣、职业规划和发展方向来综合考虑。