函授本科与全日制本科的差异主要体现在招生对象、学习方式和文凭认证上。

招生对象方面，普通本科主要针对高中毕业生，而函授则倾向于在职人员、待业者、已离开正规学校的学习者以及具有高等教育背景的专业技术人员和管理人员。

学习方式上，全日制本科实行正规在校教育，而函授则以自学为主，辅以面授。学员通过信函报名，学校将教材和辅导资料邮寄给学员，教师与学员的交流也通过信函完成，从而在不影响工作和学习的情况下完成学业。

文凭方面，二者均授予本科文凭，但函授本科文凭上会有成人高考的标识。在特定的资格考试或职业认证中，如公务员考试或职业医师资格考试，仅认可全日制本科文凭。