细菌的特殊结构包括：

1. 荚膜（Capsular Polysaccharide）

荚膜是某些细菌细胞壁外的一层透明粘液状物质。它的主要功能包括保护细菌免受外部环境压力影响，并帮助细菌免受免疫细胞的攻击。此外，荚膜还可能影响细菌的运动性和细菌之间的粘附作用。荚膜的化学组成决定了它的特定性质和功能。不同细菌的荚膜组成有所不同，甚至同一菌种的不同菌株之间也会有所差异。这一特性也常用于细菌鉴定和分型。此外，荚膜有时被用来进行疫苗的制备。

2. 鞭毛（Flagella）

鞭毛是某些细菌表面的一种细长、丝状的蛋白质突起结构。鞭毛的主要功能是帮助细菌进行运动，通常在水或空气介质中，它们能够通过鞭毛的旋转或波动进行游动。此外，鞭毛也是某些细菌的鉴别特征之一。不同类型的细菌有不同的鞭毛数量、排列方式和位置。这些特征在细菌的分类和鉴定中具有重要的参考价值。同时，鞭毛对细菌的生存和适应环境也有着重要作用。鞭毛的缺失可能导致细菌失去运动能力，进而影响其在环境中的生存和繁殖。

3. 性菌毛（Pili）和纤毛（Fimbriae）

性菌毛和纤毛是细菌的另一种特殊结构。这些结构在细菌的黏附和生物膜形成中起到关键作用。性菌毛主要参与细菌的遗传物质交换过程，如细菌的转化作用。而纤毛则有助于细菌附着于宿主细胞或其他表面，有助于细菌的定植和感染过程。这些结构对于理解细菌的致病机制和生物行为具有重要意义。此外，这些结构的存在与否也是某些细菌种类的鉴别特征之一。