本科院校和高职院校在本质上的区别主要体现在教育目标、课程设置、学制长度和就业方向等方面。

首先，从教育目标上看，本科院校主要培养的是具有较高理论知识和实践能力的专门人才，注重对学生进行全面的素质教育，使学生在毕业后能够适应社会的多元化需求。而高职院校则主要培养的是具有一定专业技能，能在生产、建设、管理、服务等一线岗位上从事技术工作的高级技能型人才。

其次，从课程设置上看，本科院校的课程设置更加全面，包括基础理论课程、专业课程和实践课程等，注重培养学生的综合素质和创新能力。而高职院校的课程设置则更加注重实践性，主要以专业技能训练为主，强调学生的实践操作能力。

再次，从学制长度上看，本科院校的学制通常为四年，而高职院校的学制一般为三年。这是因为本科院校的教育目标是培养全面发展的人才，需要更长的时间进行学习和实践。

最后，从就业方向上看，本科毕业生可以选择的就业方向更加广泛，不仅可以从事专业技术工作，还可以从事管理工作、科研工作等。而高职毕业生的就业方向则相对集中，主要是在生产、建设、管理、服务等一线岗位上从事技术工作。

总的来说，本科院校和高职院校在本质上的区别主要体现在教育目标、课程设置、学制长度和就业方向等方面，两者各有其特点和优势，适合不同的学生群体。